Kurzy proběhnou v neděli 10. září od 14:00 do 18:00 hod. a v pondělí 11. září od 8:30 do 12:30 hod. Jsou rozděleny do bloků a celková délka jednotlivých kurzů se může lišit. Ceník a registraci na kurzy najdete v záložce "Registrace".
Neděle 10. září
KURZ A: Interpretace spekter EI (4 x 1:45 hod; neděle 14:00-15:45, 16:15-18:00, pondělí 8:30-10:15, 10:45-12:30)
přednášející: Miroslav Polášek
Kurz interpretace EI spekter – sylabus.
- Úvod do problematiky interpretace hmotnostních spekter
- Základní mechanizmy fragmentačních reakcí při elektronové ionizaci
- Intenzivní cvičení na vybraných příkladech hmotnostních spekter elektronové ionizace různých tříd organických sloučenin, které bude probíhat v duchu elementární didaktické zásady postupu od jednoduchého ke složitějšímu s maximálním důrazem na samostatnou práci účastníků
KURZ B: Základy ICP-MS (2 x 1:45 hod; neděle 14:00-15:45, 16:15-18:00)
přednášející: Tomáš Pluháček
Hmotnostní spektrometrie s indukčně vázaným plazmatem (ICP-MS) je bezpochyby nejrozšířenější metodou prvkové analýzy, která našla uplatnění nejen ve většině vědních oborů, ale i rutinní analytické praxi. První část kurzu bude zaměřena na historii, teoretické základy ICP-MS, popis současné instrumentace a interferencí. Dále na možnosti spojení s analytickými technikami, kde ICP-MS slouží jako citlivý prvkově/izotopově specifický detektor. Druhá část bude věnována praktickým ukázkám přípravy vzorků (roztoková analýza, přímá analýza vzorků pevného skupenství, speciační analýza apod.), strategii vývoje a validací ICP-MS metod a v neposlední řadě přístupům k vyhodnocení a interpretaci výsledků. Součástí bude i ukázka rutinního využití ICP-MS pro analýzu prvkových nečistot dle lékopisných požadavků (kontrolní laboratoř R-lab).
KURZ C: Základy proteomiky(2 x 1:45 hod; neděle 14:00-15:45, 16:15-18:00)
přednášející: Karel Harant a Alena Křenková
Základy proteomiky 1: Návrh designu proteomického experimentu a příprava vzorků pro LC/MS analýzu
Náplní první části kurzu bude úvod do proteomiky s cílem ukázat současné metody a nástroje použitelné k akvizici a vyhodnocení proteomických dat. V první části probereme ve zkrácené formě všechny kroky experimentálního postupu od 1) designu experimentu tak, aby byl vhodný pro následnou LC/MS analýzu, 2) přípravy vzorku na příkladech imunoprecipitace a komplexního lyzátu až po 3) možnosti měření pomocí Data Dependent nebo Data Independent acquisition. Součástí kurzu bude i kritické hodnocení kvality naměřených dat. Při vyhodnocení se zaměříme na možnosti zpracování dat ve freeware SW typu MaxQuant a DIAnn. Rovněž Vás stručně seznámíme s komerčními programy – Proteome Discoverer, PEAKS, Spectronaut.
Základy proteomiky 2: Kvantitativní a statistická analýza naměřených dat
Druhá část kurzu bude zahrnovat úvod do statistického zpracování kvantitativních proteomických dat v softwaru Perseus. Důraz bude kladen na pochopení důležitých statistických pojmů (distribuce dat, t-test, ANOVA, p-value, FDR, atd.) a porozumění všem nezbytným krokům statistické analýzy, jako je filtrace dat, normalizace dat, statistické testování, apod. K dispozici budou modelová data, která budou účastníci v rámci kurzu zpracovávat.
Pondělí 11. září
KURZ D: řešení problémů v LC/MS (2 x 1:45 hod; pondělí 8:30-10:15, 10:45-12:30)
přednášející: Roman Grabic
Kurz bude zaměřen na řešení problémů s LC/MS a LC/HRMS, se kterými se setkáváme při instalaci přístrojů, vývoji metod, rutinním provozu a haváriích. Přednášky jsou souborem zkušeností uživatele GC/LC/MS za 30 let analýzy širokého rozsahu nízkomolekulárních analytů na stopové úrovni v komplexních matricích. Od popisu a řešení problémů spojených s přístrojovým vybavením se dostaneme k metodám jako celku (chromatografie vs. MS, předúprava vzorků, interference ze slepých pokusů, interference z matrice) a dále k neméně důležité části zpracování dat. Součástí kurzu bude i kapitola, jak problémům předcházet (na základě vlastních těžce získaných zkušeností) nebo minimalizovat jejich dopad.
KURZ E: Pokročilé vyhodnocování dat v proteomice (1 x 1:45 hod; pondělí 8:30-10:15)
přednášející: David Potěšil a Kristína Gömöryová
V tomto kurzu se zaměříme na analýzu dat v prostředí R, s využitím knihovny DEP (Differential Enrichment analysis of Proteomics data). Podobně jako v Základech proteomiky 2 si ukážeme základní kroky procesování (transformace, filtrování, normalizace, imputace, statistické vyhodnocení) a naučíme se, jak data vizualizovat a vytvářet reprodukovatelné a interaktivní reporty. Kromě DEP knihovny budou ve zkratce představeny i další balíčky (např. QFeatures), umožňující pokročilou analýzu MS dat. V poslední části kurzu se budeme věnovat nástrojům, které umožňují biologickou interpretaci získaných výsledků (např. STRING, REACTOME, gprofiler2). Ke kurzu budou k dispozici modelová data, na kterých si analýzu vyzkoušíme.
KURZ F: Bioléčiva pohledem hmotníkáře (1 x 1:45 hod; pondělí 10:45-12:30)
přednášející: Martin Hubálek a Juraj Lenčo
Kurz má za cíl představit bioléčiva, která se stávají stále významnější součástí farmakoterapie závažných onemocnění. Pro kontrolu jejich kvality ve farmaceutickém průmyslu hraje důležitou roli hmotnostní spektrometrie. Uvedeme posluchače do problematiky bioléčiv, kterými jsou v tomto pohledu peptidy, proteiny, monoklonální protilátky nebo oligonukleotidy. Z pohledu analytika se zaměříme především na protilátková léčiva, podíváme se na možnosti jejich separace a analýzy pomocí hmotnostní spektrometrie, a to na úrovni intaktních proteinových molekul, protilátkových podjednotek nebo peptidů.
Přednášející
Kristína Gömöryová vystudovala Molekulární biologii a genetiku na Masarykovy univerzitě a na PhD se nyní zabývá využitím hmotnostní spektrometrie pro analýzu buněčných signalizací (zejména Wnt dráhy) ve skupině prof. Vítězslava Bryji. Pro analýzu dat využívá zejména proteomické knihovny v rámci prostředí R a taktéž docker softwarový kontejner s aplikací KNIME na jehož vývoji se podílí. V roce 2022 získala OpenMS fellowship, díky kterému mohla vyjet na stáž do skupiny prof. Laurenta Gatto v Belgii, kde se věnovala analýze DIA dat s využitím R balíčku QFeatures. Od roku 2022 taktéž vyučuje Analýzu dat v R pro experimentální biology na MUNI.
Roman Grabic je docentem na Fakultě rybářství a ochrany vod Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích. Přednáší v kurzech chemie životního prostředí, analýzy environmentálních rizik a environmentální analytické chemie. Profesní kariéru zahájil v roce 1993 ve Zdravotním ústavu v Ostravě GC/MS, po 15 letech se pak přes dvouletý pobyt na oddělení chemie životního prostředí Univerzity Umea ve Švédsku dostal k LC/MS. Je autorem a spoluautorem 180+ článků, které se zabývají aplikací GC/LC/MS ve výzkumu životního prostředí. V současnosti se nejvíce věnuje osudu a vlivu kontaminantů v životním prostředí a identifikaci endokrinních disruptorů pomocí efektově zaměřených analýz a LC/HRMS.
Karel Harant absolvoval v roce 2004 na Katedře genetiky a mikrobiologie Přírodovědecké fakulty UK. Od roku 2012 je zaměstnán v Proteomické servisní laboratoři biologické sekce PřF UK. V roce 2014 založil a do současnosti vede Proteomickou servisní laboratoř v Centru Biocev. Laboratoř se zaměřuje na bottom up proteomiku od designu experimentu, přípravu vzorků, LC/MS analýzu a vyhodnocení získaných dat. V laboratoři získaná data byla za dobu fungování laboratoře součástí více než 125 publikací.
Martin Hubálek se proteomikou zabývá od roku 2002. V současnosti je zodpovědný za proteomické analýzy na Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR ve skupině Hmotnostní spektrometrie. Součástí jeho práce je také analýza celých proteinů včetně měření protilátkových léčiv. Na katedře analytické chemie PřF UK přednáší proteomiku studentům magisterského a doktorského studia. Vědecky se věnuje posttranslačním modifikacím a strukturní proteomice.
Alena Křenková získala PhD. v oboru biochemie na Přírodovědecké fakultě UK v roce 2013. Od roku 2018 pracuje na Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR ve skupině Hmotnostní spektrometrie. Zaměřuje se zejména na kvantitativní a statistickou analýzu proteomických dat.
Juraj Lenčo se proteomice věnuje od své diplomové práce, kterou vypracoval během let 2001/2002 na Vídeňské univerzitě. Od svého pobytu na Georgetown University ve Washingtonu, DC se primárně věnuje roli kapalinové chromatografie v proteomických analýzách. Od roku 2017 působí na své alma mater, Farmaceutické fakultě v Hradci Králové v rámci týmu STARSS specializovaného na pokročilý výzkum v separačních vědách. Jeho poslední publikované práce se zabývají využitím široce rozšířených chromatografických systémů pracujících v analytických průtocích pro proteomické analýzy, minimalizací vzniku artefaktů během separace peptidů a proteinů pomocí chromatografie na reverzních fázích při vyšších teplotách a analýzou proteinových bioléčiv a jejich konjugátů. Je držitelem dvou cen J. Chmelíka za nejlepší českou proteomickou publikaci.
Tomáš Pluháček je odborným asistentem na Katedře analytické chemie Přírodovědecké fakulty Univerzity Palackého v Olomouci. Jeho vědecké aktivity zahrnují využití technik molekulové a anorganické hmotnostní spektrometrie (např. ESI-MS/MS, ICP-MS, LA-ICP-MS, HPLC‑ICP-MS, CE-ICP-MS) v klinické, forenzní a farmaceutické analýze nebo analýze vzorků životního prostředí a kulturního dědictví. Od roku 2017 zastává také pozici vedoucího kontrolní laboratoře R-lab zaměřené na kontrolu kvality farmaceutické výroby v režimu správné výrobní praxe.
Miroslav Polášek se začal zbývat hmotnostní spektrometrií v roce 1991 v tehdejším Ústavu fyzikální chemie a elektrochemie J. Heyrovského, Československé akademie věd, kde do roku 1998 pracoval po boku dr. Vladimíra Hanuše a pod jeho laskavým vedením postupně pronikal do tajů objasňování struktury organických sloučenin pomocí metod hmotnostní spektrometrie. Po dvouleté stáži v USA ve skupině prof. F. Turečka se vrátil zpět na ÚFCH JH, kde působí dodnes. Ve své současné výzkumné práci mj. kombinuje experimentální a teoretický přístup ke studiu fundamentálních aspektů fyziky a chemie iontů v plynné fázi, zejména iontově-molekulových reakcí a fragmentací molekulových iontů.
David Potěšil vystudoval obor Analytická chemie v magisterském a následně i doktorandském programu na Masarykově univerzitě v Brně. Již během PhD studia se začal věnovat problematice proteomické analýzy ve skupině prof. Zdráhala. Ve stejné skupině se od té doby věnoval jak samotné LC-MS instrumentaci, tak i akvizici, vyhodnocování a interpretaci LC-MS dat. Aktuálně je zodpovědný za LC-MS sekci Proteomické centrální laboratoře CEITEC a v rámci Výzkumné skupiny Proteomika se věnuje mimo jiné reprodukovatelné analýze LC-MS dat a vývoji softwarového kontejneru a přidružených modulů (https://github.com/OmicsWorkflows). Vyučuje kurzy bioinformatiky a vyhodnocování LC-MS dat na MUNI.
 |
 |
 |
 |
 |
| Kristína Gömöryová | Roman Grabic | Karel Harant | Martin Hubálek |
Alena Křenková |
|
|
 |
 |
|
|
Juraj Lenčo |
Tomáš Pluháček | Miroslav Polášek | David Potěšil |
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Generální partneři
 |
 |
 |
 |
Hlavní partneři
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
Partneři
 |
 |
 |
Mediální partneři
